基因数据处理40之bedtools的安装和使用

1.下载:

 git clone https://github.com/arq5x/bedtools.git

2.编译:

make

3.配置:

cp * /usr/local/bin/

4.运行:
bam变成bed

hadoop@Master:~/xubo/data/snap$ bamToBed -i datatest.sorted.bam >datatest.sorted.bed

查看:

hadoop@Master:~/xubo/data/snap$ cat datatest.sorted.bed 
ref1    0   101 read1   37  +
ref1    101 202 read1   37  +

5.记录:

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