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原创基因数据处理87之adam-0.14.0读取adamsave数据成功

1，使用 cs-bwamem依赖的是adam-0.14.0里面的adamSave存储之后无法用adam-0.18.2的结果读取：但是使用adam-0.14.0的adamload可以读取。2.代码： package org.bdgenomics.adam.rdd import org.a...

2017-12-26 00:06:22

阅读数 154

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原创基因数据处理86之idea中编译安装adam-0.14.0成功

1.安装时需要修改maven到较高版本，并且需要就内存per mem设置较大2.记录：D:\1win7\java\jdk\bin\java -Dmaven.multiModuleProjectDirectory=D:\all\idea\adam-adam-parent-0.14.0 -Xmx2g ...

2017-12-26 00:05:55

阅读数 232

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原创基因数据处理85之adam-0.18.2无法读取0.14.0使用adamSave存储的数据

1.介绍： cs-bwamem依赖的是adam-0.14.0里面的adamSave存储之后无法用adam-0.18.2的结果读取：2. adam-0.18.2 adamsave可以用loadParquetAlignments读取。但无法用loadParquetAlignment...

2017-12-26 00:05:28

阅读数 184

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原创基因数据处理84之cs-bwamem处理小数据集

1.使用的是之前的数据： spark-submit –class cs.ucla.edu.bwaspark.BWAMEMSpark –master local[2] /home/hadoop/xubo/tools/cloud-scale-bwamem-0.2.1/target/cl...

2017-12-26 00:03:40

阅读数 331

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原创基因数据处理83之移动GRCH38Index到每个节点

1.从cloud/adam移出到xubo/ref:hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ mkdir -p ~/xubo/ref/GRCH38Index/ hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/tes...

2017-12-26 00:03:06

阅读数 326

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原创基因数据处理82之cs-bwamem处理SRR003161（参考基因组为GRCH38chr1）

core用不少了，只用了4个，实际可以14个。1.由于GRCH过大，及其内存小，运行不了全基因组匹配2.上传：spark-submit --class cs.ucla.edu.bwaspark.BWAMEMSpark --master spark://219.219.220.149:7077 ...

2017-12-26 00:02:40

阅读数 370

评论数 0

原创基因数据处理82之cs-bwamem处理SRR003161（参考基因组为GRCH38chr1）

core用不少了，只用了4个，实际可以14个。1.由于GRCH过大，及其内存小，运行不了全基因组匹配2.上传：spark-submit --class cs.ucla.edu.bwaspark.BWAMEMSpark --master spark://219.219.220.149:7077 ...

2017-12-26 00:01:25

阅读数 418

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原创基因数据处理81之callVariant实现类callVariantByAvocado

1.代码：package org.gcdss.cli.callVariantimport java.text.SimpleDateFormat import java.util._import org.apache.spark.{SparkConf, SparkContext} import or...

2017-12-26 00:01:05

阅读数 199

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原创基因数据处理80之disease的DataProcessing

1.代码：/** * @author xubo * more code:https://github.com/xubo245/SparkLearning * more blog:http://blog.csdn.net/xubo245 */ pack...

2017-12-26 00:00:36

阅读数 145

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原创基因数据处理79之从vcf关联到omim

1.数据：// var vcfFile = "file/callDisease/input/small.vcf" // var dbSnp2omimFile = "file/callDisease/input/omimFilter9Text.txt&quo...

2017-12-26 00:00:09

阅读数 613

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原创基因数据处理78之从vcf使用不同的方法读取结果不一样

1.方法1和2：val path2 = "hdfs://219.219.220.149:9000/xubo/callVariant/vcf/smallAnno2Adam.vcf" val anno2adam = sc.loadParquetVariantAnnotations(...

2017-12-25 23:58:46

阅读数 492

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原创基因数据处理77之从vcf文件中提取某条染色体的数据

1.代码：/** * @author xubo */ package org.gcdss.cli.vcfimport org.apache.spark.{SparkConf, SparkContext}/** * Created by xubo on 2016/5/23. */ o...

2017-12-25 23:58:02

阅读数 2714

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原创基因数据处理76之从HDFS读取fasta并统计条数

读入fasta格式数据：第一次：hadoop@Master:~/xubo/project/load/loadfastqFromHDFSfastaAndCount$ ./load.sh start: 1 run time:25101 ms *************end***********...

2017-12-25 23:57:22

阅读数 308

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原创基因数据处理75之从HDFS读取vcf文件存为Adam的parquet文件（成功）

1.参考：package org.bdgenomics.adam.cli class FlattenSuite extends ADAMFunSuite { val loader = Thread.currentThread().getContextClassLoader val inputPat...

2017-12-25 23:56:16

阅读数 116

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原创基因数据处理74之从HDFS读取vcf文件存为Adam的parquet文件（有问题）

1.small.vcf: 没记录2.读取：5 load time:3287 ms {"variant": {"variantErrorProbability": 139, "contig": {"contigName"...

2017-12-25 23:55:42

阅读数 356

评论数 0

原创基因数据处理73之从HDFS读取fasta文件存为Adam的parquet文件

1.GRCH38chr14：hadoop@Master:~/xubo/project/load$ ./load.sh start: 1 SLF4J: Failed to load class "org.slf4j.impl.StaticLoggerBinder". SLF4J...

2017-12-25 23:54:33

阅读数 200

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原创基因数据处理72之GATK安装成功

1.下载：git clone https://github.com/broadgsa/gatk-protected.git 2.安装：git checkout 3.5 mvn clean package -DskipTests 3.安装成功：[INFO] Reactor Summary: [INF...

2017-12-20 00:45:07

阅读数 3904

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原创基因数据处理71之GRCH38 的chr14提取

1.获取开始和结束行号cat GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna |grep -i -n '>' 2.提取chr14cat GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna ...

2017-12-20 00:44:33

阅读数 710

评论数 0

原创基因数据处理70之Picard安装没成功

1.下载：https://github.com/broadinstitute/picard.git 2.安装：hadoop@Master:~/xubo/tools/picard$ ant clone-htsjdk Buildfile: /home/hadoop/xubo/tools/picard/...

2017-12-20 00:44:12

阅读数 403

评论数 0

原创基因数据处理69之bowtie安装与使用

1.下载：hadoop@Master:~/xubo/tools$ git clone https://github.com/BenLangmead/bowtie2.git Cloning into 'bowtie2'... remote: Counting objects:...

2017-12-20 00:43:48

阅读数 2094

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原创基因数据处理68之avocado的配置文件默认无法从hdfs读取

（1）配置文件设置为hdfs路劲有问题val configFile = "hdfs://219.219.220.149:9000/xubo/avocado/avocado-sample-configs/basic.properties" 报错：hadoop@Master:~/c...

2017-12-20 00:43:23

阅读数 247

评论数 0

原创基因数据处理67之bwa建立索引时间

两次，GRCH38 的1号染色体hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem/bwaindex$ bwa index GRCH38chr1L3556522.fasta [bwa_index] Pack FASTA... 2.50...

2017-12-20 00:42:58

阅读数 1028

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原创基因数据处理66之avocado集群运行

1.最大问题：老报错的问题：hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem/BWAMEMSparkAll$ ./GcdssCallVariant2.sh start: fqFile:hdfs://219.219.220.149...

2017-12-20 00:42:36

阅读数 170

评论数 0

原创基因数据处理65之bwa处理500bp和1000bp的记录

xubo@xubo:~/xubo/data/alignment/cs-bwamem$ bwa aln bwaindex/GRCH38chr1L3556522.fasta g38l500N10000.fq >g38l500N10000.bwa.sai [bwa_aln] 17bp reads:...

2017-12-20 00:41:52

阅读数 174

评论数 0

原创基因数据处理64之bwamem处理500bp和1000bp的记录

xubo@xubo:~/xubo/data/alignment/cs-bwamem$ bwa mem bwaindex/GRCH38chr1L3556522.fasta g38l500N10000.fq >g38l500N10000.bwamem.sam [M::bwa_idx_load_f...

2017-12-20 00:40:20

阅读数 570

评论数 0

原创基因数据处理63之snap修改默认设置后处理大于400bp的记录

通过修改Read.h中的400=》4000，之后可以运行，但是匹配的命中率好低。但是bwamen很不错，下一篇有记录。xubo@xubo:~/xubo/data/alignment/cs-bwamem$ snap-aligner single snapindex/ g38l500N10000.fq...

2017-12-20 00:39:06

阅读数 193

评论数 0

原创基因数据处理62之snap默认无法处理大于400bp的reads

在处理500bp和1000bp的时候，snap都无法处理：xubo@xubo:~/xubo/data/alignment/cs-bwamem$ snap-aligner single snapindex/ g38l500N10000.fq -o g38l500N10000.snap1.sam We...

2017-12-18 23:52:35

阅读数 132

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原创基因数据处理61之idea运行cs-bwamem处理single-end（1条100bp的reads）

代码： package cs.ucla.edu.bwaspark import java.text.SimpleDateFormat import java.util.Date import cs.ucla.edu.bwaspark.FastMap._ impo...

2017-12-18 23:52:13

阅读数 282

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原创基因数据处理60之bwa运行single-end（1千万条100bp的reads）

第一次：``` hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/cs-bwamem$ bwa aln GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fasta g38L100c10000000Nhs20.fq > bwa/g38L100c1...

2017-12-18 23:51:59

阅读数 155

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原创基因数据处理59之snap运行single-end（1千万条100bp的reads）

记录： hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ snap-aligner single snap/snapindex g38L100c10000000Nhs20.fq -o snap/g38L100c1000000...

2017-12-18 23:50:20

阅读数 174

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原创基因数据处理58之snap运行paired-end（1千万条100bp的reads对）

hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ snap-aligner index GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fasta snapindex Welcome to SNAP ve...

2017-12-18 23:48:13

阅读数 239

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原创基因数据处理57之BWA-MEM运行single-end(1千万条100bp的reads)

``` hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ bwa mem GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fasta g38L100c10000000Nhs20.fq > g38L100c1...

2017-12-18 23:47:44

阅读数 312

评论数 0

原创基因数据处理56之bwa运行paird-end（1千万条100bp的reads）.md

（1）pair1.fq》sai bwa aln GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fasta g38L100c10000000Nhs20Paired1.fq >g38L100c10000000Nhs20Paired1.saipair1记录： h...

2017-12-18 01:17:02

阅读数 443

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原创基因数据处理55之cs-bwamem安装记录（idea maven ，没有通过pl）

project下的pom D:\1win7\java\jdk\bin\java "-Dmaven.home=D:\1win7\idea\IntelliJ IDEA Community Edition 15.0.4\plugins\maven\lib\maven3" &q...

2017-12-18 01:15:19

阅读数 183

评论数 0

原创基因数据处理54之bwa-mem运行paird-end（1千万条100bp的reads）

指令：```hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ bwa mem GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fasta g38L100c10000000Nhs20Paired1.fq g38L1...

2017-12-18 01:14:46

阅读数 505

评论数 1

原创基因数据处理53之cs-bwamem集群版运行paird-end（1千万条100bp的reads）

art： art_illumina -ss HS20 -i GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fna -p -l 100 -m 200 -s 10 -c 10000000 -o g38L100c10000000Nhs20Paired 2.fastq上传到h...

2017-12-18 01:13:54

阅读数 372

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